Kwiatkowski to niekonwencjonalna postać w historii Polski XX wieku. Jeden z najbardziej zachodnioeuropejskich Polaków, przesiąknięty racjonalizmem, krytycyzmem i dystansem opartym na rzetelnej wiedzy o problemach, które rozwiązywał. Gigant pracy. Interesował się chemią, nowoczesną techniką przemysłową, historią gospodarczą, uprawą morza i ekonomią polityczną.
Miał rzadki dar doboru współpracowników. Cenił kompetencje, nie poglądy polityczne, i był lojalny wobec przyjaciół nawet z opozycji. Prowadził dziennik, którego trzynaście tomów spłonęło w Powstaniu Warszawskim. Pisał go dalej po czerwcu 1945, jako Delegat Rządu do spraw Wybrzeża.
Prawie nie brał urlopów i wiele wymagał od ludzi. W 1945 roku stanął na platformie Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej, licząc na ewolucyjne reformy, zagospodarowanie Ziem Odzyskanych i odbudowę gospodarki morskiej. Nieufność przywódców PPR rosła i wkrótce został odsunięty.
Nie był ideałem. Krytykowano jego pragmatyzm po Brześciu i ambicje polityczne. Nie zawsze był sprawiedliwy wobec ekonomistów, którzy nie popierali jego antyinflacyjnej, ostrożnej polityki. Można pytać, czy propaganda sukcesu z lat 1938-1939, uprawiana z jego inspiracji między innymi przez Wańkowicza, nie stępiła jego krytycznego spojrzenia.
Był samotnikiem. Zachowywał dystans wobec elity pomajowej, z wyjątkiem prezydenta Mościckiego, i wobec przywódców opozycji. Zostawił wiele idei. Wierzył, że prawdziwa reforma świata zaczyna się od reformy człowieka.
Źródło: Marian Marek Drozdowski, „Eugeniusz Kwiatkowski. Człowiek i dzieło”, Kraków 1989.